跟著化肥使用量的添加也破壞了土壤結構、污染了土壤環境，土壤營養也在逐步的失衡，并且問題越來越嚴重。特別是在土壤氮磷鉀三要素上的影響更為突出，對于土壤營養的含量一般推薦使用三體儀器土壤微量元素檢測儀,這樣能得出土壤中各個營養的含量參數，為上肥量提供科學有力的依據。
土壤微量元素檢測儀的測定成果能夠發現，化肥使用過多，大量的NH4、K+和土壤膠體吸附的Ca2+Mg2+等陽離子發生交流，使土壤結構被破壞，導致土壤板結。大量施用化肥，用地不養地，形成土壤有機質下降，化肥無法補償有機質的缺少，進一步影響了土壤微生物的生存，不僅破壞了土壤肥力結構，并且還降低了肥效。
制作化肥的礦藏原料及化工原料中，含有多種重金屬元素、物質和其他有害成分，它們伴隨上肥而進入農田土壤形成污染，近年來土壤的污染日趨嚴重，已經影響到農產品的營養價值、耐儲藏性、抗逆性，然后影響到人類的身體健康狀況。
土壤微量元素檢測儀對長期使用氮磷鉀的土壤營養進行測定，發現N-P-K營養對土壤結構產生了適當的破壞力，導致了土壤營養的失調，營養丟失，污染加劇。依據不同作物和土壤類型平衡科學配方上肥，用養結合，大力實施/測、配產供施一體化的農化服務，從根本上改進土壤結構培肥土壤進步化肥和有機肥吸收利用率，保持地力久用不衰這樣既能節省生產成本，進步作物產值和改進產品品質，又能維護農業生態環境，然后進步農產品的質量，真實添加農品數量，也才能做到高產、穩產、適產優質、高產優質及高效。
